Le Datawarehouse marché du travail a été créé en 1999 dans le cadre d’un projet Agora de l’ancien Service des affaires scientifiques, techniques et culturelles (SSTC), l’actuel service de Politique scientifique fédérale. Ce projet a été réalisé par l'actuel Steunpunt Werk de la KU Leuven et le Centre METICES de l'ULB.
Suite à la demande de plusieurs institutions de sécurité sociale, un datawarehouse a été créé afin d'enregistrer, de façon permanente, les données administratives dont elles disposent. La valeur ajoutée de ce datawarehouse réside dans la possibilité d’agrégation des fichiers de données des institutions de sécurité sociale participantes.
Au moment du lancement du projet, six institutions y étaient associées: l’Institut national d’assurance maladie et invalidité (INAMI), l’Office national d’allocations familiales pour travailleurs salariés (ONAFTS, par la suite FAMIFED), l’Institut national d’assurances sociales pour travailleurs indépendants (INASTI), l’Office national de sécurité sociale (ONSS), l’Office national de sécurité sociale des administrations provinciales et locales (ONSSAPL, par la suite ORPSS, et faisant maintenant partie de l'ONSS) et l’Office national de l’emploi (ONEM). Les données du Registre national sont fournies par la Direction générale Statistique – Statistics Belgium du SPF Économie, PME, Classes moyennes et Energie (DG Statistique, actuellement STATBEL).

Depuis l'année 2003, le nombre d'institutions participantes a fortement augmenté. Par ailleurs, certaines sources ont été complétées avec des données supplémentaires. Les institutions suivantes fournissent maintenant également des données au DWH MT&PS: le SPF Sécurité sociale (SPF SS), le Fonds des accidents du travail (FAT, maintenant FEDRIS avec le FMP), le Fonds des maladies professionnelles (FMP, maintenant FEDRIS avec le FAT), le Ministerium der Deutschsprachigen Gemeinschaft, le Collège intermutualiste national (CIN), le Service des pensions du secteur public (SdPSP, maintenant SFP avec l'ONP), le Service public de programmation Intégration sociale, Lutte contre la pauvreté, Économie sociale et Politique des Grandes Villes (SPP IS), l’Office national des vacances annuelles (ONVA), l’Office national des pensions (ONP, maintenant SFP avec le SdPSP), les services régionaux de placement VDAB/ACTIRIS/Forem/ADG, le Registre national, SIGeDIS, la Vlaamse Agentschap voor Hoger Onderwijs, Volwassenenonderwijs,Kwalificaties & Studietoelagen (AHOVOKS), la Vlaams Agentschap Vlaamse Sociale Bescherming (VSB), la Vlaams Agentschap Uitbetaling Groeipakket (VUTG), l'Académie de recherche et d'enseignement supérieur (ARES), le Conseil des Recteurs (CREF), IRISCARE en l'Agence wallonne pour une vie de qualité (AViQ), la Vlaams Agentschap voor Personen met een Handicap (VAPH) et le SPF Affaires Etrangères. La portée du Datawarehouse marché du travail et protection sociale n’est ainsi plus limitée au seul marché du travail, mais s’étend à divers types d’inactivité. Les données de ces nouvelles sources ont été intégrées à partir de l'année 2003, à l’exception de quelques données qui sont intégrées à partir de 2004 (ONVA), 2005 (ARES) ou encore 2011 (STATBEL). Suite à la sixième réforme de l'Etat, de nouvelles institutions telles que la VSB (2017), la VUTG (2019), IRISCARE (2020), AVIQ (2020), le Ministerium der Deutschsprachigen Gemeinschaft (2019) et la VAPH ont adhéré dans une phase ultérieure.
L’année 2003 peut donc être considérée comme un moment clé dans l’histoire du datawarehouse. Depuis 2003, le Datawarehouse marché du travail change de nom et devient « Datawarehouse marché du travail et protection sociale (DWH MT&PS)».

Le DWH MT&PS est soutenu par le Steunpunt Werk de la KU Leuven, le Centre METICES de l'ULB et le Centrum voor Sociologisch Onderzoek (CeSO) de la KU Leuven. Ce soutien est possible grâce à un consortium de financeurs, composé d'institutions fédérales et régionales.